2005年至2006年按照自治区统一部署，我市进行了苏木乡镇机构改革。此次在全区进行的改革的主要任务是调整苏木乡镇布局，即撤乡并镇、转变政府职能、精简机构、编制和人员，并规定以2004年苏木乡镇数为基数精简50%。呼伦贝尔市苏木乡镇由2004年的120个减少到72个，精简比例40%；行政、事业机构综合设置分别为3-4个，行政事业编制大幅压缩，我市行政编制精简31.73%、事业编制精简32.09%。

此次改革在苏木乡镇布局调整、综合设置机构、转变政府职能、创新工作机制、压缩财政供养人员、调整人员结构、提高办事效率和服务水平等方面取得了显著成效。但因苏木乡镇撤并比例过大，改革时未充分考虑呼伦贝尔市民族地域、边境线长及行政管理难度大等的特殊因素，撤并后的苏木乡镇存在很多遗留问题。为解决这些遗留问题，呼伦贝尔市党委、政府多次向自治区请示沟通，得到自治区党委、政府高度重视，先后多次派调研组对呼伦贝尔市苏木乡镇机构改革现状、遗留问题进行专题调研论证。2010年7月调整增设我市苏木乡镇21个，2011年5月调整增设民族苏木乡镇6个。呼伦贝尔市现有苏木乡镇99个，其中：镇63个、乡17个、苏木19个。

呼伦贝尔市苏木乡镇行政事业机构严格按照2005年改革方案执行，设置的行政机构有：党政综合办公室（挂社会治安综合治理办公室牌子）、经济发展办公室、社会事务办公室（挂计划生育办公室牌子）；旗市城关镇增设城镇管理办公室；设置的事业机构有：农牧业综合服务中心、文化体育广播电视服务中心、计划生育服务中心，城关镇及工作任务重的镇设劳动和社会保障事务所。